En 1726 fue nombrado concertino, cargo que aparentemente quedó vacante desde ls salida de Johann Sebastian  Bach en 1717. La "Trauermusik" de Pfeiffer para Eleonore Wilhelmine, la difunta esposa del duque Ernst August, se llevó a cabo ese mismo año, y entre agosto de 1728 (o 1729) y enero de 1730 acompañó al duque en un recorrido por los Países Bajos y Francia.

En o alrededor de mayo de 1732 Pfeiffer estaba en Berlín, y en diciembre de 1733 se le ofreció un puesto en Bayreuth como violinista de la corte y como tutor de música de la nuera  del margrave, Friederike Wilhelmine (hermana del futuro rey Federico el Grande ). El 8 de noviembre 1734 fue nombrado Kapellmeister en Bayreuth con un sueldo de 300 florines (aumentado a 480 florines alrededor de 1737). El marido de Friederike sucedió a su padre como margrave en mayo de 1735, y juntos se dedicaron a la ampliación de la vida musical en la corte, y por lo tanto a aumentar las oportunidades de Pfeiffer como compositor. El 20 de septiembre de 1752 se casó con la viuda Dorothea Hagin, con quien tuvo dos hijos, Friederich (1754-1816), abogado de profesión y un hábil violinista, y Johann Heinrich, que murió en la infancia. En 1752 o 1753 a Pfeiffer le fue concedido el título honorífico de 'Hofrat' (consejero privado), y su salario se incrementó; en el momento de su muerte vivía en 1375 Reichsthaler.

Gran parte de la música de Pfeiffer está perdida, o permanece no identificada o mal atrbuida (usualmente firmaba sus manuscritos simplemente 'del Sign. Pfeiffer'). Según Schrickel, se distinguió en Weimar componiendo encantadotres Singspiels, pero a excepción de la serenata de Bayreuth "Das unterthänigste Freudenopfer", ninguna obra suya de este tipo es conocida, y sólo dos piezas vocales (posiblemente de obras escénicas) se conservan. A pesar de lo que sostienen Gerber y Fétis, no se ha encontrado ninguna música sacra suya. La música instrumental constituye el grueso de su producción, la mayor parte, sin duda, compuesta en Bayreuth. En estilo es quizás más estrechamente comparable con la de Johann Sebastian Bach. Tanto Gerber como Schilling comentan la alta estima en que consideraron sus oberturas (suites orquestales). Cinco de ellas recuerdan la primera suite de Bach en su armonización para dos oboes, fagot y cuerdas; consisten típicamente en una obertura francesa, un  Cantabile como Forlana, una fuga Alla breve, un Allegro  tipo bourrée (o Presto) y un Menuet con un trío de instrumentos de viento solos. La puntuación y la estructura de las otras suites varían considerablemente. Los conciertos que sobreviven muestran ambos esquemas de tres y cuatro movimientos; el diseño lento-rápido-lento-rápido se encuentra comúnmente en las obras de cámara también. Algunas de las sinfonías que se le atribuyen pueden ser de Johann Michael Pfeiffer.